Gjatë vegjetacionit kujdes i kushtohet ujitjes, luftimit të barërave të këqija dhe mbrojtjes nga sëmundjet dhe dëmtuesit.

Ujitja: Soja është e ndjeshme ndaj mungesës së ujit gjatë fazës së lidhjes e rritjes së bishtajave. Rendimentet maksimale arrihen kur uji në zonën e rrënjëve mbahet më lart se 50 % të kapacitetit fushor ujëmbajtës të tokës. Lagështia e përshtatshme gjatë fazës së lulëzimit do të sigurojë fekondim maksimal të luleve, numri i bishtajave e kokrrave për bimë do të jetë i madh e për pasojë edhe prodhimi për njësi të sipërfaqes më i madh. 

Mungesa e ujit gjatë fazës së lidhjes dhe mbushjes së bishtajave do të zvogëlojë rendimentin deri në 30%. Ka raste që është e domosdoshme një ujitje para mbjelljes (toka laget 60 – 100cm thellë). Ujitja para mbjelljes ose tre katër ditë më vonë nxit mbirje të shpejtë dhe parandalon formimin e kores së tokës, e cila ka raste që pengon seriozisht mbirjen. Zakonisht 2 – 3 ujitje, në këto faza zhvillimi, me normë 350 – 400m³/ha (ujitja me shi hedhës), janë të mjaftueshme për të garantuar një prodhim sa më maksimal në këtë kulturë. Metoda e ujitjes do të përcaktohet nga disponueshmëria e ujit, lloj i kultivarit dhe pajisjet për ujitje në dispozicion. Metodat më të mira janë ato spërkatëse (shi hedhje) dhe ujitja me  pika. 

Kontrolli i barishteve të këqija: Barërat e këqija mund të zvogëlojë prodhimin dhe shkalla e depresionit në prodhim varet nga numri i barërave të këqija për njësi të sipërfaqes (shkalla e infeksionit) dhe faza e zhvillimit të kulturës. Kur shkalla e infeksionit është e lartë dhe soja është në fazat e para të zhvillimit dëmet mund të jenë serioze pasi barërat e këqija janë shumë konkurrente krahasuar me bimët e kultivuara. 

Vëmendje! Çdo përpjekje duhet bërë për të kontrolluar barërat e këqija para mbjelljes si dhe kontrolli i tyre në fazat e para të zhvillimit të bimëve. Luftimi i barërave të këqija bëhet me masa agroteknike, mekanike dhe kimike. 

• Masat agroteknike: Zakonisht kryhen ndërhyrje me kultivime dhe bëhen deri kur bimët kanë arritur lartësinë 5 – 10cm. Ndërhyrje duhet bërë me shumë kujdes pasi bimët janë tepër të brishta dhe mund të dëmtohen qoftë nga thyerja ashtu edhe nga mbulimi me dhe. Kultivimi rekomandohet të kryhet në orët e mesditës, kur bimët e humbasin brishtësinë e tyre dhe bëhen më të qëndrueshme ndaj thyerjes.

Pas gjashtë deri në tetë javë, soja mund të konkurrojë me të gjithë barishtet e këqija dhe në raste të rralla kërkohet ndërhyrje për luftimin e tyre pas kësaj periudhe. 
Kontrolli kimik: Ky operacion kërkon një vëmendje të veçantë sepse përdorimi i herbicideve mund të çojë në toksicitetin e bimëve të sojës. Nga herbicidet mund të përdoret Roundup Ready Plus, por gjithmonë nën kujdesin dhe këshillat e specialistëve për dozën dhe kohën e përdorimit.
Kontrolli i sëmundjeve dhe dëmtuesve: Soja mund të dëmtohet nga një sërë sëmundjesh dhe dëmtuesish të cilat mund te ndikojnë në uljen e prodhimit. Për luftimin e sëmundjeve e dëmtuesve të sojës ka një sërë pesticidesh, prandaj për përdorimin e tyre duhet konsultuar me specialistin përkatës.

Sëmundjet kryesore bakteriale

Njollosja bakteriale (Pseudomonas syringae)

Shkaktari i sëmundjes: shkaku i sëmundjes është bakter. 
Simptomat: Në gjethe shfaqen njolla të cilat fillimisht janë të njomura, më vonë zmadhohen dhe bëhen nekrotike. Njollat mund të rrethohen nga një zonë e zbardhur në të verdhë. Njollat bashkohen dhe i japin bimës një pamje si e djegur. Gjethet që thahen mbeten të lidhura me bimën. Njollat në bishtaja janë rrethore, të thelluara, me ngjyrë të kuqe në kafe. Njollat në bishtaja mund të krijojnë rrjedhje të lëngët. 

• Sëmundja mund të futet nga fara e kontaminuar.
• Bakteret dimërojnë në mbeturinat e të korrave. Shfaqja e sëmundjes favorizohet nga temperaturat e ngrohta.
• Përhapja është më e madhe gjatë kushteve të motit të lagësht.

Menaxhimi i sëmundjes

• Mbillni vetëm fara të çertifikuara;
• Mbillni varietete rezistente;
• Trajtojini farat me një preparat kimik të përshtatshëm përpara mbjelljes për të vrarë bakteret;
• Spërkatni bimët me një fungicid të përshtatshëm mbrojtës me bazë bakri përpara shfaqjes së simptomave.

Pustula bakteriale (Xanthomonas campestris)

Shkaktari i sëmundjes: shkaku i sëmundjes është bakter. 
Simptomat: Në gjethe shfaqen njolla të vogla jeshile të zbehtë me qendra të ngritura në sipërfaqen e sipërme dhe të poshtme të gjetheve të cilat zhvillojnë pustula të ngritura në qendër të lezionit. Nëse lezionet bashkohen, në gjethe, mund të zhvillohen zonat kafe me lara. Në bishtajat e disa varieteteve  mund të zhvillohen njolla të vogla të kuqe-kafe. Sëmundja është e përhapur në rajonet e rritjes së sojës, të cilat shoqërohen me temperatura të ngrohta dhe reshje të shpeshta shiu gjatë sezonit të rritjes.

Menaxhimi i sëmundjes

• Mbjellja e varietetet të sojës që janë rezistente ndaj sëmundjes bakteriale;
• Spërkatni bimët me një fungicid të përshtatshëm mbrojtës me bazë bakri përpara shfaqjes së simptomave.

Sëmundjet kërpudhore

Kalbëzimi i  kërcellit (Rhizoctonia solani)
Shkaktari i sëmundjes: shkaku i sëmundjes është një kërpudhë.
Simptomat: Ndodh zhdukja (tharja  para ose pas mbirjes) e bimëve të prekura nga sëmundja. Në bimët e prekura formohen lezione të kuqe-kafe që rrethojnë kërcellin. Lezionet mund të jenë të pranishme edhe në kërcellin e bimëve të vjetra dhe të shkaktojnë tharjen e bimës në mes të sezonit. Shfaqjen e sëmundjes e favorizojnë tokat e ngrohta dhe të thata, si dhe reshjet e mëvonshme. 

Menaxhimi i sëmundjes

• Trajtoni farat me një fungicid të përshtatshëm përpara mbjelljes;
• Mbillni varietete më pak të ndjeshme;
• Mbillni vetëm në toka të drenazhuara mirë.

Ndryshku  (Phakopsora pachyrhizi)

Shkaktari i sëmundjes: shkaku i sëmundjes është një kërpudhë.
Simptomat: Në gjethe shfaqen njolla gri ose të kuqe-kafe të njomura, të cilat kthehen në ngjyrë kafe të nxirë ose kafe të errët. Njollat mund të jenë gjithashtu të pranishme në kërcell dhe bishtaja. Bimët lëshojnë gjethet dhe piqen para kohe. Zhvillimi i ndryshkut favorizohet nga temperaturat e ngrohta dhe periudhat e lagështisë së lartë.

Menaxhimi i sëmundjes
Mbillni varietete të sojës që janë rezistente ndaj ndryshkut, aplikimi i fungicideve të përshtatshme me spërkatje në gjethe mund të ndihmojë në kontrollin e sëmundjes.

Vrugu (Peronospora manshurica)

Simptomat: në sipërfaqen e sipërme të gjethes shfaqen njolla të verdha ose jeshile të zbehtë të cilat zmadhohen dhe bashkohen për të formuar njolla të verdha. Lezionet mund të kthehen në gri-kafe, në kafe të errët me një kufi të verdhë. Në pjesën e poshtme të gjethes formohen tufa të mykut gri-vjollcë. Në rastin kur infektohen bishtajat farat (kokrrat), mund të mbulohen nga masa të micelieve të bardha dhe nuk kemi shfaqje të simptomave të jashtme në bishtajë. Shfaqja e sëmundjes favorizohet nga temperaturat e ngrohta dhe periudhat me lagështi të lartë.

Menaxhimi i sëmundjes

• Trajtoni farat me një fungicid të përshtatshëm përpara mbjelljes;
• Përmbysni mbetjet e sojës në tokë pas korrjes;
• Mbillni varietete të cilat janë rezistente ndaj sëmundjes kur është e mundur;
• Qarkullimi i bimëve për një periudhë njëvjeçare.

Dëmtuesit kryesorë të sojës

Krimbi i panxharit dhe krimbi me shirita të verdhë

Insektet e rritura, për të dy llojet e krimbave, janë flutura nate. 
Simptomat: Dëmi shkaktohet nga larvat e tyre të cilat gjatë ushqimit shkaktojnë vrima të veçanta, ose të grupuara rrethore në formë të çrregullt në gjeth. Larvat e reja gjatë ushqyerjes çojnë në gjethe të skeletizuara, plagë të cekëta e të thata në bishtaja.

Vezët vendosen në grupe me  50-150 vezë dhe mbulohen me një masë të bardhë që i jep grupit të vezëve pamje pambuku. Larvat e reja kanë ngjyrë të gjelbër të zbehtë në të verdhë, ndërsa larvat e  vjetra janë përgjithësisht jeshile më të errëta me një vijë të errët që kalon përgjatë anës së trupit të tyre dhe në pjesën e poshtme me ngjyrë rozë ose të verdhë. Insektet mund të kalojnë 3-5 breza në vit.

Menaxhimi i dëmtuesit: Metodat organike të kontrollit të krimbave përfshijnë kontrollin biologjik nga armiqtë natyrorë që parazitojnë larvat dhe aplikimin e Bacillus thuringiensis. 

Merimanga me dy pika

Simptomat: Të gjitha merimangat dëmtojnë nëpërmjet aparatit gojor shpues thithës. Ato gjenden kryesisht në pjesën e poshtme të gjethes. Insektet  prodhojnë fije të holla merimange nga marrin edhe emrin. 

Vazhdimi i ushqyerjes shkakton një efekt zbardhues dhe më vonë, gjethet bëhen të verdha, gri ose bronz. Mund të ndodhë zhveshje e plotë nëse merimangat nuk kontrollohen. Moti i thatë e i nxehtë ndikon në shtimin e përhapjen e merimangës. Merimangat janë të pranishme në fazën e lulëzimit e lidhjes së bishtajës.

Menaxhimi i dëmtuesit: Merimanga ka shumë grabitqarë natyror të cilët frenojnë në mënyrë të ndjeshme popullatën e tyre. Prandaj trajtimi kimik i tyre duhet të jetë shumë i kujdesshëm me qëllim që insektet e dobishme të mbrohen sa të jetë e mundur. Për luftimin e tyre përdoren insekticide akaricide. Shumica e akaricideve nuk janë efektivë për dëmtimin e vezëve, prandaj kur infeksioni është i rëndë, kërkohen dy ose më shumë trajtime me akaricide në intervale pesë ditore. 

Korrja e shirja e prodhimit të sojës
Korrja duhet të kryhet në kohën e duhur pasi një vonesë në korrjen e sojës mund të rezultojë me humbje të rënda për shkak të shkoqjes së saj. Korrja duhet të fillojë kur shumica e gjetheve kanë rënë dhe përmbajtja e lagështirës së farës bie nën 15%, e cila përcaktohet nëpërmjet testimit të lagështisë ose prodhuesit me përvojë e përcaktojnë momentin e korrjes nisur nga ngjyra e bishtajave dhe aftësia e bishtajës për tu çarë. Soja është gati për korrje kur bishtajat marrin ngjyrë kafe dhe nga shtypja me dorë çahen lehtë. 

Një metodë tjetër, për përcaktimin e kohës së korrjes, është edhe shkëputja e bishtajave dhe tundja e tyre. Gjatë tundjes së tyre nëse ndjehet lëvizja e kokrrave brenda bishtajës atëherë është koha e përshtatshme për ndërhyrjen në korrje dhe shirjen e sojës. Korrja mund të bëhet me dorë ose e mekanizuar (kombajnë). Në rastet e korrjes me dorë ajo grumbullohet në pirgje e rreshta të gjerë dhe pastaj bëhet shirja me kombajnë apo mjete të tjera shirëse të grurit. Rekomandohet shirja me kombajna të grurit. Për të eliminuar humbjet dhe thyerjen e kokrrave rëndësi merr modifikimi dhe regjistrimi i kombajnës. Në këto raste përcaktohet shpejtësia e ecjes, numri i xhirove të baditorit si dhe hapësira e baditorit me zgarën. Korrja duhet të realizohet sa më ulët (5 – 7 cm mbi tokë) për të minimizuar numrin e bishtajave të mbetura në pjesën e pakorrur të bimës. Pas shirjes merren masa për tharjen e prodhimit, deri në standardet për ruajte, me qëllim që prodhimi të mos prishet.